La línea de interculturalidad del CINEP tiene como objetivo superar las desigualdades históricas que enfrentan los pueblos étnicos y populares, especialmente aquellos afectados por economías extractivistas. Mediante la investigación participativa, la formación y el acompañamiento, se apoya la defensa de los derechos humanos, la protección de los territorios y la revitalización de las prácticas culturales y espirituales de las comunidades indígenas, afrodescendientes y urbanas.

El trabajo de la línea incluye la incidencia política, la promoción de espacios de formación y acompañamiento, y el fortalecimiento de alianzas con organizaciones comunitarias y plataformas de derechos humanos. Además, se abordan temas clave como el género y la memoria histórica, y se visibilizan las diversas formas de violencia que afectan a estas comunidades, tales como el racismo, la violencia policial y las injusticias laborales. A través de herramientas como podcasts, infografías y eventos comunitarios, se apoya la lucha de estos pueblos por una vida digna, libre de violencia y discriminación.